FORTH-IMBB ve FORTH-ICS (Yunanistan)

Yunanistan Araştırma ve Teknoloji Kurumu (FORTH) ülke çapındaki ve küresel ölçekteki en önemli araştırma merkezlerinden biridir. FORTH, NEOMATRIX projesine toplam sekiz enstitüsünden ikisiyle katılmaktadır: IMBB ve ICS.

Genom analizi konusunda uzun bir deneyime sahip olan Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Enstitüsü (FORTH-IMBB) birçok model organizmanın genomunun deşifre edilmesine katkıda bulunmuştur. FORTH-IMBB hem bu deneyimden, hem de DNA analizinde kullanılan yenilikçi teknolojilerden güç alarak kurduğu yüksek standartlardaki laboratuvarıyla arkeolojik biyolojik kalıntılardan DNA analizi yapmaya odaklanmıştır.

FORTH – IMBB Antik DNA Laboratuvarı 2016 yılında Girit Bölge İdaresi himayesinde, arkeolojik araştırmaları güçlendirip ilerletmek, disiplinlerarası bilimsel işbirlikleri geliştirmek ve ulusal kültürel mirası tanıtmak amaçlarıyla, merhum Prof. Dimitris Kafetzopoulos tarafından kurulmuştur. “Avrupa Miras Bilimi Araştırma Altyapısı” (E-RHIS) ile Ulusal Araştırma Altyapıları programı kapsamındaki Hellas-CH adlı ulusal altyapıyla ilişkilidir. Avrupa’daki en modern arkeogenetik laboratuvarlarından biri olup, halen Yunanistan’daki tek örnektir. Şimdiye dek Avrupa genelinde ve ulusal ölçekte sunulan çok sayıda rekabetçi bilimsel programdan fon almaya layık görülen laboratuvar, Yunanistan Kültür ve Spor Bakanlığı’nın stratejik işbirlikleriyle de desteklenmiştir.

Antik DNA Laboratuvarı şu anda Prof. Nikos Poulakakis, Prof. Alexandros Stamatakis ve Dr. Pavlos Pavlidis tarafından yönetilmektedir. Ekipte biyoarkeolog ve arkeoloji bilimci Dr. Argyro Nafplioti, kimyager Dr. Despina Vassou, biyolog Dr. Nikos Psonis ve arkeolog Eugenia Tabakaki de yer almaktadır. Radyokarbon tarihleme de dahil olmak üzere çoklu izotop oranı sistemleri (⁸⁷Sr/⁸⁶Sr, ¹⁸O/¹⁶O, ¹³C/¹²C, ¹⁵N/¹⁴N, ³⁴S/³²S) konusunda çeşitli biyoarkeolojik malzemeleri kapsayan güçlü uzmanlığı ve zengin araştırma deneyimi ile NEOMATRIX eşyöneticisi Dr. Nafplioti‘nin üzerinde çalışmakta olduğu araştırma soruları, FORTH’u hem ulusal arkeolojik araştırmalar arenasında benzersiz bir aktör haline getirmekte; hem de daha geniş anlamda, en yeni antik DNA ve izotopik analiz yöntemlerini birlikte kullanma yeteneğiyle kökenler, hareketlilik ve göç konusundaki araştırmalarda öne çıkmasını sağlamaktadır.

Bilgisayar Bilimleri Enstitüsü (FORTH-ICS) kurulduğu 1983’ten bu yana temel ve uygulamalı araştırmalar yürütme, uygulama ve ürünler geliştirme, hizmetler sunma konusunda oldukça uzun bir geçmişe ve tanınmış bir geleneğe sahip olup hem ulusal hem uluslararası ölçekte bilişim ve iletişim teknolojileri alanlarında öncü bir rol oynamaktadır. Hesaplamalı Biyotıp Laboratuvarı (FORTH-ICS-CBML) kronik hastalıkların optimal yönetimine yönelik kişiselleştirilmiş, öngörücü ve önleyici tıp uygulamaları bağlamında yenilikçi bilişim ve iletişim teknolojileri geliştirilmesine odaklanmaktadır. CBML son yıllarda, tıbbi büyük veri entegrasyonu, uyumlaştırma ve anlamsal karşılıklı işlerlik, çok kipli biyomedikal veride hassap tıbba yönelik yenilikçi radyomik ve radyogenomik çözümleri odaklı makine öğrenmesi / derin öğrenme gibi başlıklardaki yenilikçi araştırmalara ve bilimsel alanlara yoğunlaşmıştır. Dr. Pavlos Pavlidis‘in popülasyon genetiği, filogenetik ve biyoenformatik alanlarında çalışan grubu (EvoLab), simülasyonları, matematiksel modellemeyi ve reel veriyi birleştirerek nötr ve seçilimsel güçler arasındaki karşılıklı etkileşimi daha iyi anlayabilmeye yönelik metotlar geliştirmiştir. Biyoenformatik alanındaki çalışmaları bilhassa gen ifadesi verisi ile transkripsiyon faktörü bağlayıcı profilleri ve Hi-C verisi başlıkları üzerinedir. Bilgisayar bilimi, biyoloji ve matematik gibi alanlardan gelen yüksek motivasyonlu bir grup öğrenciden oluşan ekipte, biyolog ve doktora öğrencisi Stefanos Papadantonakis de yer almaktadır.

FORTH bünyesinde çalışmalarını sürdüren genç bilim insanları Stefanos Papadantonakis, Nikos Psonis ve Despoina Vassou, NEOMATRIX projesinde aktif olarak yer almaktadırlar.

Argyro Nafplioti Yunanistan’daki Ioannina Üniversitesi’nde arkeoloji öğrenimini tamamladıktan sonra İngiltere’deki Southampton Universitesi’nde biyoerkeoloji alanında yüksek lisans ve doktora yaptı. Yunanistan’da stronsiyum izotop analizini arkeolojide kullanan ilk kişi oldu ve bu bağlamda biyolojik olarak kullanılabilir stronsiyum izotop imzalarına ilişkin ilk haritayı yayımladı. Ege arkeolojisinde stronsiyumu diğer izotop sistemleriyle (oksijen, karbon, azot, kükürt) birleştiren de ilk kişiydi. Çalışmaları kültür değişimi, nüfus bağlantısallığı ve etkileşimi, hareketlilik ve toplumsal değişkenlik gibi arkeolojinin başat konularını kapsar. Biyoarkeolog olarak otuzdan fazla müşterek uluslararası projeye liderlik etmiştir. Avrupa Komisyonu, AHRC-UK, British Academy ve Yunanistan Burslar Müdürlüğü’nün (IKY) de aralarında olduğu pek çok kurumun mali desteğine layık görülmüştür. Birçok doktora sonrası çalışması yapan Nafplioti, yakın zamanda Cambridge Üniversitesi’nde tamamladığı ve hem Marie Curie Bireysel Bursu, hem de British Academy Araştırma Bursu ile desteklenen çalışmasında, Girit’teki antik mezarlar üzerine çoklu izotop analizleri ve AMS radyokarbon tarihleme kullanarak popülasyon tarihi ve mutlak tarihleme çalışması yapmıştır. Hakemli dergilerdeki makalelerinin ve yazdığı kitap bölümlerinin sayısı 30’tan fazladır. Avrupa Komisyonu, NSF (ABD) ve SSHRC (Kanada) tarafından Uzman Değerlendirici olarak tanınan Nafplioti, çok sayıda uluslararası bilimsel dergi için hakemlik yapmakta, bunlardan üçünün ise yayın kurulunda yer almaktadır.

Nafplioti‘nin araştırmaları kültür değişimi, nüfus bağlantısallığı ve etkileşimi, hareketlilik gibi konuları kapsar.

Genom araştırmalarında dünyanın önde gelen bilim insanlarından biri olan Ioannis Talianidis, Prof. Dimitris Kafetzopoulos‘un vefatından sonra FORTH adına NEOMATRIX projesi eşyürütücülüğünü devralmıştır. FORTH-IMBB Genom Laboratuvarı’nı kuran ve yönetmekte olan Talianidis, şu anda ayrıca IMBB’nin yöneticiliğini de yürütmektedir. EMBO, Avrupa Akademisi ve Macar Bilimler Akademisi’nin seçilmiş bir üyesidir. Baş araştırmacısı olduğu çalışmalar, aralarında ERC İleri Düzey Araştırmacı Ödülü’nün (2012) de yer aldığı 8 ulusal ve 24 uluslararası hibeye layık görülmüştür. Başarıyla sonuçlanan sekiz AB Eğitim ağına katılım göstermiş, bunların üçünü koordine etmiş, çok sayıda doktora sonrası araştırmacıya danışmanlık ve rehberlik etmiştir. Prof. Talianidis şu anda gen ekspresyonunun epigenetik düzenlenmesine ilişkin bir AXA Araştırma Fonu (2017-2029) kapsamında çalışmalarını yürütmekte ve bu çerçevede genç araştırmacıların yetiştirilmesine de katkıda bulunmaktadır. Yüksek etki faktörlü dergilerde 80’den fazla makalesi, 6 bin 500’den fazla atfı (öz atıflar hariç) bulunmaktadır ve h-indeksi 44’tür.

Talianidis çeşitli düzeylerden araştırmacılara danışmanlık ve rehberlik etme konsuunda 25 yıllık deneyime sahiptir.

FORTH Bilgisayar Bilimi Enstitüsü’nün (ICS) Hesaplamalı Biyotıp Laboratouvarı’ndaki (CBML) baş araştırmacılardan Pavlos Pavlidis, tarımsal biyoteknoloji ve bitki moleküler biyolojisi ve biyoteknolojisi alanlarında birer yüksek lisans derecesine sahiptir. Doktorasını 2011 yılında Almanya’daki Münih Üniversitesi’nde Prof. Wolfgang Stephan‘ın danışmanlığında tamamlamış, doktora sonrası araştırmacı olarak Heidelberg’de Prof. Alexandros Stamatakis‘in grubunda popülasyon genetiği alanında yüksek başarımlı hesaplama uygulamaları üzerine çalışmıştır (2011-2013). 2013’te Yunanistan’a dönen Pavlidis, 2014-2016 arasında Marie-Curie Doktora Sonrası Bursu’ndan faydalandı. Nisan 2016’da ICS-CBML kadrosuna katıldı. Pavlidis’in uzmanlık alanı hesaplamalı ve teorik popülasyon genetiği ile evrimsel biyolojidir. Başlıca ilgi alanı doğal popülasyonların, özellikle de insan popülasyonlarının evrimini şekillendiren güçler ve süreçlere ilişkin çıkarsamalardır. Pavlidis’in laboratuvarında evrimsel süreçleri anlamak için matematiksel ve hesaplamalı yaklaşımlarla reel veri birleştirilerek kullanılmaktadır. Burada analiz edilen veri çeşitleri arasında DNA dizileri, ekspresyon verisi, transkripsiyon faktör profilleri ve Hi-C verisi sayılabilir. Pavlidis’in ilgi alanlarından biri de genom verisinin biyoenformatik analizidir. Pavlidis’in laboratuvarı, organizmaların geçmişteki ve güncel evrimini ele alan ulusal ve uluslararası işbirliklerine imza atmıştır.

Pavlidis‘in uzmanlık alanı hesaplamalı ve teorik popülasyon genetiği ile evrimsel biyolojidir.