FORTH-IMBB och FORTH-ICS (Grekland)

Foundation for Research and Technology – Hellas (FORTH) är ett av de mest framstående forskningscentren i Grekland och även internationellt. FORTH deltar i NEOMATRIX med två av sina åtta institut; IMBB och ICS.

The Institute of Molecular Biology and Biotechnology (FORTH-IMBB) har lång erfarenhet av genomanalys och genomavkodning av flera modellorganismer. Med utgångspunkt från denna erfarenhet och kraften i ny teknik inom DNA-analys grundade FORTH-IMBB ett nytt laboratorium av hög standard med fokus på att analysera DNA från arkeologiska biologiska lämningar. Ancient DNA Lab FORTH – IMBB grundades 2016 av den framlidne prof. Dimitris Kafetzopoulos under överinseende av region Creta för att stärka och främja arkeologisk forskning, utveckla tvärvetenskapligt vetenskapligt samarbete och för att främja nationellt kulturarv. Det utgör en ”European Research Infrastructure for Heritage Science” genom E-RHIS och även en nationell infrastruktur inom ramen för Hellas-CH-programmet för den nationella strategin för forskningsinfrastrukturer. Det är för närvarande det enda arkeogenetiska laboratoriet i Grekland och är ett av de mest moderna i Europa. Hittills har laboratoriet fått finansiering genom ett flertal konkurrenskraftiga europeiska och nationella vetenskapliga program och har också fått stöd av strategiska samarbeten med det grekiska ministeriet för kultur och sport.

Prof. Kafetzopoulos, som grundade The Ancient DNA Lab vid FORTH-IMBB, spelade också en viktig roll i utformningen av NEOMATRIX.

The Ancient DNA Lab leds för närvarande av professor Nikos Poulakakis, professor Alexandros Stamatakis och Dr Pavlos Pavlidis. Teamet består av Dr. Argyro Nafplioti, bioarkeolog och arkeologisk forskare, Dr. Despina Vassou, kemist, Dr. Nikos Psonis, biolog och fru Eugenia Tabakaki, arkeolog. Med stöd av en stark expertis och bred forskningserfarenhet med flera olika isotopstudier (87Sr/86Sr, 18O/16O, 13C/12C, 15N/14N, 34S/32S) inklusive 14C-datering, ett flertal olika bioarkeologiska material och forskningsfrågor genom Neomatrix har co-PI Dr. Nafplioti etablerat FORTH som en unik “aktör” inom arkeologisk forskning i Grekland. I större utsträckninggäller det även dess förmåga att leda forskning om ursprung, rörlighet och migration med integrerad toppmodern aDNA analys och analyser av stabile isotoper.

The Institute of Computer Science (FORTH-ICS) har sedan starten 1983 en relativt lång historia och en erkänd kompetens att bedriva grundläggande och tillämpad forskning, utveckla applikationer och produkter, tillhandahålla tjänster och innehar en ledande roll i Grekland och även internationellt inom inom informations- och kommunikationsteknik. Computational BioMedicine Laboratory (FORTH-ICS-CBML) från FORTH fokuserar på utveckling av ny IKT-teknik i vidare sammanhang för personlig, prediktiv och förebyggande medicin som syftar till optimal behandling av kroniska sjukdomar. CBMLs nuvarande verksamhet fokuserar på ny forskning och vetenskapliga områden, inklusive medicinsk BIG-dataintegration, harmonisering och semantisk interoperabilitet, samt maskin- / djupinlärning i multimodala biomedicinska data med tonvikt på nya radiomik- och radiogenomiklösningar mot precisionsmedicin. Dr Pavlos Pavlidis grupp (EvoLab) arbetar med populationsgenetik, fylogenetik och bioinformatik och har utvecklat metoder för att ytterligare förstå samspelet mellan neutrala och selektionskrafter genom att kombinera simuleringar, matematisk modellering och verkliga data. Inom bioinformatik arbetar de huvudsakligen med genuttrycksdata, transkriptionsfaktorbindande profiler och Hi-C-data. Gruppen består av ett team av motiverade studenter med bakgrund inom datavetenskap, biologi och matematik, inklusive doktorand Stefanos Papadantonakis, biolog.

FORTH deltar i NEOMATRIX med tre ESR:er: Stefanos Papadantonakis, Nikos Psonis och Despoina Vassou.


Argyro Nafplioti

Argyro Nafplioti har en examen i arkeologi från University of Ioannina, Grekland, och en MA och doktorsexamen i bioarkaeologi från University of Southampton, Storbritannien. Hon var den första som använde strontiumisotopanalys inom arkeologi i Grekland och publicerade också den första kartan över bakgrunds- och referens data för strontiumisotopsignaturer. Hon var också den första inom arkeologin som kombinerade strontium med andra isotopsystem (syre, kol, kväve, svavel) I området runt Egeiska havet. Hennes forskning behandlar storskaliga arkeologiska frågeställningar om kulturförändring, gruppers kontakter och interaktion, mobilitet, migration och social variation. Hon har varit den ledande bioarkeologen i över 30 internationella samarbetsprojekt. Hon har finansierats av många institutioner, inklusive Europeiska kommissionen, AHRC-UK, British Academy och Greek Institute of State Scholarships-IKY. Hon har haft flera post-doktor tjänster och har nyligen genomfört en Marie Curie Individual Fellowship och en British Academy Research Grant om befolkningshistoria och absolut datering av tidiga gravsammanhang på Kreta med hjälp av multi-isotopanalyser och AMS 14C- datering vid University of Cambridge. Hon har publicerat över 30 artiklar i peer-reviewed tidskrifter och och bokkapitel. Hon är expertutvärderare för Europeiska kommissionen, NSF-USA och SSHRC-Kanada, granskare för flera internationella vetenskapliga tidskrifter och medlem i redaktionen för tre av dessa.

Nafpliotis forskning behandlar storskaliga arkeologiska frågeställningar om kulturförändring, gruppers kontakter och interaktion, mobilitet, migration och social variation.


Ioannis Talianidis

Ioannis Talianidis, som efterträdde prof Prof. Dimitris Kafetzopoulos som PI vid FORTH för NEOMATRIX, är en världsledande forskare inom genomforskning. Han grundade och är chef för Genomics Lab för FORTH-IMBB; och är också den nuvarande direktören för IMBB. Han är vald medlem i EMBO, Academia Europaea och den Ungerska vetenskapsakademin. Han har varit PI för åtta nationella och 24 internationella forskningsprojekt (mestadels inom EU), inklusive ett ERC Advanced Investigator Award (2012). Han har mer än 25 års erfarenhet av handledning/mentorskap för både tidiga (ESR) och mera seniora forskare. Han har deltagit i åtta framgångsrika EU-utbildningsnätverk, varav han samordnade tre och har varit handledare/mentor för flera post-doktor. För närvarande är Prof. Talianidis involverat i AXA-Research Fund-programmet för epigenetisk reglering av genuttryck (2017-2029), som också inkluderar utbildning av ESR. Han har över 80 artiklar i högt rankade peer-reviewed tidskrifter, över 6.500 citat (exkl. Självcitering) och hans h-index är 44.

Talianidis har mer än 25 års erfarenhet av handledning/mentorskap forskare.


Pavlos Pavlidis

Pavlos Pavlidis är huvudforskare vid Computational BioMedicine Laboratory (CBML) vid Institute of Computer Science (ICS), FORTH. Han har en examen (motsvarande MSc-examen) i jordbruksbioteknik, en MSc i växtmolekylärbiologi och bioteknik. Han tog sin doktorsexamen 2011 från universitetet i München, Tyskland under ledning av professor Wolfgang Stephan. Från 2011 till 2013 arbetade han som post-doktori Alexandros Stamatakis forskargrupp i Heidelberg med högpresterande populationsgenetik. År 2013 återvände han till Grekland som post-doktor och från 2014 till 2016 var han Marie-Curie post-doktor. Sedan april 2016 är han knuten till CBML på ICS. Hans expertis och forskning ligger på beräknings- och inom teoretisk populationsgenetik och evolutionär biologi. Hans främsta intresse berör processer som styr utvecklingen av s.k. naturliga befolkningar, och särskilt människor. För att dra slutsatser om evolutionära processer använder hans laboratorium en kombination av matematiska och beräkningsmetoder och analys av verkliga data. De data som analyserades i Pavlidis lab är DNA-sekvenser, expressionsdata, transkriptionsfaktorprofiler och Hi-C-data. Han är också intresserad av bioinformatik om genomdata. Pavlidis lab har etablerat nationella och internationella samarbeten för att studera den gamla och senaste utvecklingen av organismer.

Pavlidis’ expertis ligger på beräknings- och inom teoretisk populationsgenetik och evolutionär biologi.


Relevanta publikationer

Patramanis I., Tabakaki E., Vassou D., Psonis N., Papadopoulou V., Pavlidis P, Kafetzopoulos D. 2019. Dynamic demographic models for the study of the second Greek Colonization (8th – 6th Century BCE). In “Reconstructing the Human Past – Using Ancient and Modern Genomics“, EMBL Heidelberg, Germany,

Alachiotis, N. and Pavlidis, P., 2018. RAiSD detects positive selection based on multiple signatures of a selective sweep and SNP vectors. Communications Biology, 1(1), p.79.

Xu, D., Pavlidis, P., Taşkent, R. O., Alachiotis, N., Flanagan, C., DeGiorgio, M., … Gökçümen, O. (2017). Archaic Hominin Introgression in Africa Contributes to Functional Salivary MUC7 Genetic Variation. Molecular Biology and Evolution, 34(10).

Nafplioti, A. 2011. Tracing population mobility in the Aegean using isotope geochemistry: a first map of biologically available 87Sr/86Sr signatures. Journal of Archaeological Science, 38: 1560-1570.