Fransa Ulusal Bilimsel Araştırma Merkezi (CNRS) ve Paris Üniversitesi tarafından ortaklaşa oluşturulan Jacques Monod Enstitüsü (IJM) bünyesindeki Epigenomik ve Paleogenomik Grubu, insan da dahil olmak üzere hayvan tür ve popülasyonları ile genomlarının evrimi üzerine çalışmaktadır. Araştırma yaklaşımı, arkeolojik ve paleontolojik kemiklerde muhafaza edilmiş DNA’nın incelenmesidir; zira bunlar evrimin doğrudan tanığıdır. Antik genomların analizindeki güvenirlik ve verimi artırmak için dekontaminasyon ve gen kütüphanesi inşa yöntemleri geliştirmiş olan ekip, hata eğilimli süreçlerin kontrolünü maksimize edebilmek için kemik örneklerinin hazırlanmasından genom dizilerinin analizine dek her adımı kendileri icra etmektedir. Bu ise, ekibin kullandığı temiz laboratuvar ve sekanslama tesisi gibi araştırma altyapısının güçlü olması sayesindedir.
Ekibin çalışmaları temelde iki araştırma konusuna yoğunlaşmıştır: 1) başta sığır ve kediler olmak üzere hayvanların popülasyon dinamiklerinin, filocoğrafyasının ve evcilleştirilmesinin analizi; 2) Avrupa’daki ve bilhassa günümüz Fransasını oluşturan bölgedeki insan popülasyonlarının Üst Pleistosen döneminden Orta Çağ’a dek olan evrimi.
Moleküler biyologlar Eva-Maria Geigl ve Thierry Grange tarafından yönetilmekte olan ekibe 2022 yılında, insan genetiği konusunda uzman olan Fabien Fauchereau da katılmıştır. Şu anda ekipte üç lisansüstü öğrencisi yer almaktadır. Üç kıtadaki üç farklı ülkeden gelerek ekibe katılan bu öğrencilerden Oğuzhan Parasayan insanların Fransa’ya yayılımı, Caitlin Martin ise insan genomunun Holosen boyuncaki evrimi ile seçilimi, Jeanne Mattei ise kedilerin evcilleştirilmesi üzerine çalışmaktadır. 2021 sonunda bizon ve yaban öküzlerinin (urus) evrimi ile yaban öküzlerinin evcilleştirilmesi konusundaki doktora çalışmasını tamamlayan Wejden Bendhafer, ekibin parçası olduğu dönemde NEOMATRIX projesinde de yer almıştır.
Eva-Maria Geigl
Almanya’daki Münih Ludwig-Maximilian Üniversitesi’nde kimya ve biyoloji yüksek lisansı ile moleküler biyoloji doktorası yapan Eva-Maria Geigl, doktora sonrası çalışmaları için ABD’deki Stanford Üniversitesi Tıp Merkezi’nde bulunduğu sırada İnsan Genom Projesi’ne katkı sundu. Geigl bu proje kapsamında kromozomların fiziksel haritalamasına ve endojen retroviral dizilerin analizine odaklandı. Daha sonra Paris’teki Jacques Monod Enstitüsü’ne (IJM) katılan Geigl, AB bursu ile desteklenen çalışmasında insan kromozomlarının mimarisini ve evrimini araştırdı. Daha sonra genomların ve türlerin evrimini çalışmak için paleogenetik yaklaşımla ilgilenmeye başladı ve buna yönelik projeler geliştirmeye başladı. IJM bünyesinde Paleogenomik ve Moleküler Tafonomi tesisini kuran Geigl, Thierry Grange ile birlikte Fransa Ulusal Bilimsel Araştırma Merkezi’ndeki (CNRS) Epigenomik ve Paleogenomik Araştırma Grubu’nun araştırma yöneticisidir.
Geigl doktora sonrası çalışmaları için Stanford Üniversitesi’nde bulunduğu sırada İnsan Genom Projesi’ne katkı sundu.
Thierry Grange
Thierry Grange, doktorasını Paris Diderot Üniversitesi’nde mikrobiyoloji alanında tamamladı. Moleküler biyolog ve genetikçi olarak Fransa Ulusal Bilimsel Araştırma Merkezi’nde (CNRS) başladığı araştırma kariyerinin ilk yıllarında mikrobiyoloji ve virolojinin çeşitli yönlerini ele aldıktan sonra memelilerde gen ekspresyonu, doku özgüllüğü ve steroid hormon cevabı, kromatin ve epigenetik bellek üzerine yoğunlaştı. Jacques Monod Enstitüsü’nde (IJM) neredeyse 30 yıldır grup liderliği yapan Grange, 2009’dan bu yana Eva-Maria Geigl ile birlikte bu kurumun bünyesindeki Epigenomik ve Paleogenomik Araştırma Grubu’na liderlik etmektedir. Grange, enstitünün genom tesisinin de sorumlusudur.
Grange Jacques Monod Enstitüsü’nde neredeyse 30 yıldır grup liderliği yapmaktadır.
İlgili yayınlar
The genetic identity of the earliest human-made hybrid animals, the kungas of Syro-Mesopotamia
Bennett E.A., Weber J., Bendhafer W., Champlot S., Peters J., Schwartz G.M., Grange T., Geigl E.-M. (2022). Sci Adv. 14;8(2):eabm0218.
Ancient genomes from present-day France unveil 7,000 years of its demographic history
Brunel, S., Bennett, E.A., Cardin, L., Garraud, D., BarrandEmam, H., Beylier, A., Boulestin, B., Chenal, F., Cieselski, E., Convertini, F., Dedet, B., Desenne, S., Dubouloz, J., Duday, H., Fabre, V., Gailledrat, E., Gandelin, M., Gleize, Y., Goepfert, S., Guilaine, J., Hachem, L., Ilett, M., Lambach, F., Mazière, F., Perrin, B., Plouin, S., Pinard, E., Praud, I., Richard, I., Riquier, V., Roure, R., Sendra, B., Thevenet, C., Thiol, S., Vauquelin, E., Vergnaud, L., Grange, T., Geigl, E.-M., Pruvost, M. (2020). Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 117(23):12791-12798.
Ancient DNA shows domestic horses were introduced in the southern Caucasus and Anatolia during the Bronze Age
Guimaraes, S., Arbuckle, B., Peters, J., Adcock, S., Buitenhuis, H., Chavin, H., Manaseryan, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T., Geigl, E.-M. (2020). Science Advances, 6: eabb0030.
Using paleogenetics to unravel the impact of humans on animal populations in the past
Geigl, E.-M. & Grange, T. (2019). In Animals: Cultural Identifiers in Ancient Societies? J. Peters, G. McGlynn & V. Goebel (eds)., Verlag Marie Leidorf (VML) GmbH, Rahden/Westf. p.131-137
Morphology of the Denisovan phalanx closer to modern humans than to Neanderthals
E. Andrew Bennett, Isabelle Crevecoeur, Bence Viola, Anatoly P. Derevianko, Michael V. Shunkov, Thierry Grange, Bruno Maureille, and Eva-Maria Geigl (2019). Science Advances, 5:eaaw3950.
The evolution and population diversity of bison in Pleistocene and Holocene Eurasia: Sex matters
Grange, T., Brugal, J.-P., Flori, L., Gautier, M., Uzunidis, A., and Geigl, E.-M. (2018). Diversity 10, 65.
Ancient DNA: The quest for the best
Geigl, E.-M., Grange, T. (2018) Ancient DNA: The quest for the best. Mol Ecol Resour. 18:1185–1187.
The paleogenetics of cat dispersal in the ancient world
Ottoni, C., Van Neer, W., De Cupere, B., Daligault, J., Guimaraes, S., Peters, J., Spassov, N., Prendergast, M.E., Boivin, N., Morales-Muniz, A., Bălăşescu, A., Becker, C., Benecke, N., Boronenanț, A., Buitenhuis, H., Chahoud, J., Crowther, A., Llorente, L., Manaseryan, N., Monchot, H., Onar, V., Osypińska, M., Putelat, O., Studer, J., Wierer, U., Decorte, R., Grange, T., Geigl, E.-M. (2017). Nature Ecology & Evolution 1, 0139.
Taming the late Quaternary phylogeography of the Eurasiatic wild ass through ancient and modern DNA
Bennett, E.A., Champlot, S., Peters, J., Arbuckle, B.S., Guimaraes, S., Pruvost, M., Bar-David, S., Davis, S.J.M., Gautier, M., Kaczensky, P., Kuehn, R., Mashkour, M., Morales-Muñiz, M., Pucher, E., Tournepiche, J.-F., Uerpmann, H.-P., Bălăşescu, A., Germonpré, M., Y. Günden, C., Hemami, M.-R., Moullé, P.-E., Öztan, A., Uerpmann, M., Walzer, C., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2017). PLoS One 12(4): e0174216.
A cost-effective high-throughput metabarcoding approach powerful enough to genotype ~44 000 year-old rodent remains from Northern Africa
Guimaraes S, Pruvost M, Daligault J, Stoetzel E, Bennett EA, Côté NM, Nicolas V, Lalis A, Denys C, Geigl E.-M., Grange T. (2017). Mol EcolResour. 17: 405-417.
Past climate changes, population dynamics and the origin of Bison in Europe
Massilani, D., Guimaraes, S., Brugal, J.-P., Bennett, E.A., Tokarska, M., Arbogast, R., Baryshnikov, G., Boeskorov, G., Castel, J.-C., Davydov, S., Madelaine, S., Putelat, O., Spasskaya, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T., Geigl, E.-M. (2016). BMC Biology 14:93-110.
Analysis of ancient DNA in microbial ecology
Gorgé O, Bennett EA, Massilani D, Daligault J, Pruvost M, Geigl EM, Grange T. (2016). Methods Mol Biol. 1399:289-315.
A new high-throughput approach to genotype ancient human gastrointestinal parasites
Côté, N.M.L., Daligault, J., Pruvost, M., Bennett, E.A., Gorgé, O., Guimaraes, S., Capelli, N., Le Bailly, M., Geigl, E.-M., Grange, T. (2016). PLoS One 11(1):e0146230.
Library construction for ancient genomics: single strand or double strand?
Bennett, E.A., Massilani, D., Lizzo, G., Daligault, J., Geigl, E.-M., Grange, T. (2014). Biotechniques 56:289-300.
An efficient multistrategy DNA decontamination procedure of PCR reagents for hypersensitive PCR applications
Champlot, S., Berthelot,C., Pruvost, M., Bennett, E.A., Grange, T., Geigl, E.-M. (2010). PLoS One 5(9):e13042.
Early bone diagenesis in temperate environments: Part I: Surface features and histology
Fernandez-Jalvo, Y., Andrews, P., Pesquero,D., Smith, C., Marin-Monfort, D., Sanchez, B., Geigl, E.-M., Alonso, A. (2010). Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology 288:62-81.
Palaeogenetics of cattle domestication: Methodological challenges for the study of fossil bones preserved in the domestication centre in Southwest Asia
Geigl, E.-M. (2008). Comptes Rendus Palévol 7(2-3): 99-112.
DNA diagenesis and palaeogenetic analysis: Critical assessment and methodological progress
Pruvost, M., Schwarz, R., Bessa Correia, V., Champlot, S., Grange, T. and Geigl, E.-M. (2008). Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 266 (3-4): 211-219.
Freshly excavated fossil bones are best for ancient DNA amplification
Pruvost, M., Schwarz, R., Bessa Correia, V., Champlot, S., Braguier, S., Morel, N., Fernandez-Jalvo, Y., Grange, T. and Geigl, E.-M. (2007). Proceedings of the National Academy of Sciences. 104 (3): 739-744.
On the circumstances surrounding the preservation and analysis of very old DNA
Geigl, E.-M. (2002). Archaeometry 44 (3) :337-342, 2002
Inadequate use of molecular hybridization to analyze DNA in Neanderthal fossils
Geigl, E.-M. (2001). The American Journal of Human Genetics 68:287-290; S0002-9297(07)62499-9.