Bilimsel soru ve araştırma metodolojisi

Tarih boyunca insan toplulukları nasıl hareket etmiştir? Bir yere yeni gelenler oranın yerlileriyle nasıl etkileşime girer? Nüfus hareketliliği maddi kültüre nasıl yansır? Maddi kültürdeki değişimin hızı ve niteliğiyle popülasyon boyutu arasında bir ilişki var mıdır? Nüfus etkileşimleri ve maddi kültür alışverişi, toplumsal cinsiyet rollerini ve genel olarak sosyoekonomik eşitsizliği nasıl şekillendirir?

Batı Avrasya’da tarımın yayılışı – Görsel: D. Gronenborn, M. Ober | RGZM

NEOMATRIX, günümüzden yaklaşık 8 bin yıl önce Akdeniz havzasında, Anadolu ve Ege’den başlayarak ve Yunanistan’dan geçerek Avrupa’nın batısına ulaşan bir doğrultuda gerçekleşmiş olan Neolitik yayılımın şimdiye kadarki en açık seçik haritasını çizmeyi amaçlayan ortak bir araştırma projesidir. Bu projede partnerler, nüfus hareketleri sırasında olan toplumsal ve kültürel etkileşimlere ilişkin soruları yanıtlamak için arkeogenetiği sosyal bilimlerle entegre edecektir. Yukarıda sıraladığımız sorulara yanıt üretirken yalnızca tarihöncesine ilişkin gizemlere değil, günümüz toplumlarını ilgilendiren bazı yapısal sorunlara da ışık tutulabilmesi umulmaktadır.

Neolitik yayılımın hızı, daha önce arkeolojik maddi kültür temel alınarak araştırma konusu edildi. Gelgelelim bu yaklaşım, bu süreçte tek bir homojen popülasyonun mevcut olduğunu ve çeşitli maddi kültürlerin tek bir popülasyondan türediğini varsayar. Bu varsayım kabaca doğru olabilir, fakat elimizdeki arkeolojik ve arkeogenetik veriler yerel ve küresel ölçekleri birleştirerek bu süreçlere ilişkin derinlemesine soruşturmalar yürütülmesine henüz olanak tanımamıştır. Buna karşılık, Akdeniz havzasının farklı bölgelerindeki Neolitik yerleşimlerden bireylere ait genomik profilleri ve Neolitik olmayan bağlamlara ait bireyleri karşılaştırmak, bu popülasyonların ne kadar hızlı hareket ettikleri ve yerel popülasyonlarla ne ölçüde karıştıkları hakkında daha fazla şey söyleyecektir. Bu genomik veriyi, aDNA için analiz edilen aynı bireylerden elde edilecek olan ve bu insanların coğrafi kökenleri ve beslenmeleri hakkında bilgi veren çoklu izotopik imzalarla birleştirmek, popülasyonların hem daha ayrıntılı hem de daha kapsamlı analiz seviyelerinde daha bütüncül olarak tanımlanabilmelerini sağlayacaktır. Bu sentetik yaklaşım, yukarıdaki gibi soruları yanıtlamamızın yanı sıra, genetik ve kültürel sürüklenme arasındaki, popülasyon boyutunun her iki olgu üzerindeki karışıklığa yol açan etkisinden kaynaklanabilecek olası korelasyonları sınamamıza da imkan tanıyacaktır.

Paydaşların birbirlerindne bağımsız olarak ürettikleri veriler ile geçmişte yayımlanmış veriler birleştirilerek tüm paydaşlarca yeniden analiz edilecektir. ODTü-Hacettepe ekibi Neolitikleşmenin başlangıcı üzerine çalışırken, CNRS-IJM Paleogenetik Laboratuvarı Neolitik göçlerin Fransa’daki uç noktalarını incelemektedir. ODTÜ ekibinin geçmişte Anadolu ve Yunanistan’da bulunmuş kalıntılardan ürettikleri Neolitik öncesi ve Neolitik döneme ait antik koyun ve keçi genomları, Paris’teki IJM-CNRS’e gerçekleşecek bir laboratuvar ziyareti sırasında Avrupa’nın başka bölgelerinden (Fransa, İber Yarımadası, İtalya) elde edilmiş küçükbaş genom verisiyle genişletilip zenginleştirilerek, “Neolitik paket”in bir diğer önemli bileşenine dair ilave veri sağlanacaktır. Böylece, Neolitik paket diye adlandırılagelen şeyin bir dizi maddi kültür unsuru ve bir dizi evcilleştirilmiş türden oluşan sabit bir küme olmadığını ortaya koyacak, bu kavramı söz konusu yayılma süreci boyunca evrimleşmiş, ortadan kaybolmuş ve yeniden ortaya çıkmış unsurlardan oluşan dinamik bir küme olarak yeniden tanımlamış olacağız. Bu bilgilerle donandığımızda, maddi kültür ve demografideki değişimin dinamiklerini benzeri görülmemiş bir ayrıntılılıkta inceleyebiliyor olacağız.

NEOMATRIX’in temelini oluşturan araştırma projesi, arkeogenetik ve biyoarkeoloji alanlarındaki standart uygulamaların yanı sıra deneysel yöntemlerin geliştirilmesini de içermektedir. Popülasyonları ve bireyleri genomik açıdan tanımlayıp nüfus hareketleri ve toplumsal yapıları yeniden inşa etmek üzere, insan ve hayvan kemikleri ile insan dişlerinden daha önce elde edilmiş olan aDNA ve izotop verisini bir araya getirip yeniden analiz edeceğiz. Ayrıca NEOMATRIX, ekip çalışmaları, ortak laboratuvar toplantıları ve laboratuvar ziyaretleri yoluyla, verimli hibridizasyon yakalamaya yönelik açık protokoller ile, çift ve tek iplikli DNA kütüphane inşasının optimizasyonu dahil olmak üzere, çok bozunmuş DNA’nın özgünlüklerine uygun yeni moleküler biyoloji protokolleri gibi, bu projenin ötesinde uygulama alanlarına sahip olabilecek yeni araştırma araçlarının geliştirilmesini teşvik edecektir.

Bu yeni araştırma araçları, düşük kapsamlı (derinlikli) genomları analiz etmeye yönelik dayanıklı yaklaşımlar, demografik çıkarsama için Yaklaşık Bayes Hesaplama (ABC) metotları, ve derin öğrenme araçlarının aDNA analizine katılması gibi özgün hesaplama araçlarını da içerecektir.

Antik DNA antik zamanlarda yaşamış organizmaların kemiklerinden DNA özütlemeyi, DNA sekansını okuyarak başka organizmaların DNA sekanslarıyla karşılaştırmayı içerir. Bu genetik karşılaştırmalar demografik tarih hakkında, ve dolayısıyla göç, toplumdaki biyolojik akrabalık örüntüleri, ve ayrıca doğal seçilim hakkında bilgi verir.