IJM-CNRS (Frankrike)

The “Epigenomics and Paleogenomics” Gruppen “Epigenomics and Paleogenomics” från Institut Jacques Monod, Université de Paris och French National Center for Scientific Research (CNRS) är intresserad av utvecklingen av genom, arter och populationer av djur, inklusive människor. Deras tillvägagångssätt är studiet av DNA som bevarats i arkeologiska och paleontologiska ben eftersom dessa är de direkta vittnen till evolution. De utvecklade både dekontaminering och konstruktionsmetoder för bibliotek (av genetiska data) för att öka tillförlitligheten och effektiviteten i analysen av förhistoriska genom (aDNA). Teamet utför alla steg i analysen, från beredning av benprover till analys av genomsekvenser för att maximera kontrollen av de procedurer som kan vara felbenägna. Detta är möjligt tack vare den infrastruktur de driver, inklusive ett laboratorium för hög inneslutning och en sekvenseringsanläggning.


Teamet bedriver för närvarande två stora forskningsteman: 1) å ena sidan analysen av populationsdynamik, fylogeografi och domesticering av djur, särskilt boskap och katter; 2) å andra sidan utvecklingen av människobefolkningar i Europa, med särskilt fokus på det nuvarande Frankrikes territorium, från övre Pleistocen till medeltiden.

Det internationella teamet av grund- och doktorander samt forskare leds av två molekylärbiologer, Eva-Maria Geigl och Thierry Grange. För närvarande finns det fyra doktorander från fyra olika länder och fyra olika kontinenter som arbetar med olika projekt: Oğuzhan Parasayan studerar bosättandet av Frankrike, Wejden Bendhafer utvecklingen av bison och uroxensamt domesticering av den senare, Jeanne Mattei studerar kattens domesticering och Caitlin Martin arbetar med utveckling och selektions av det mänskliga genomet genom hela Holocen-perioden.


Eva-Maria Geigl

Eva-Maria Geigl tog examen med ett statsdiplom i kemi och biologi och doktorsexamen i molekylär genetik från Ludwig-Maximilian-universitetet i München, Tyskland. Under sitt postdoktorala arbete vid Stanford University Medical Center, USA, deltog hon i Human Genome Project med fokus på fysisk kartläggning av kromosomer och analys av endogena retrovirussekvenser. Hon gick sedan över till Jacques Monod Institute i Paris där hon som EU-stipendiat undersökte arkitektur och utveckling av mänskliga kromosomer. Senare blev hon intresserad av att använda den paleogenetiska metoden för att studera utvecklingen av genom och art och utvecklade projekt inom detta område. Hon inrättade anläggningen “Paleogenomics and Molecular Taphonomy” för Jacques Monod Institute i Paris och driver forskargruppen “Epigenomics and Paleogenomics” som forskningsdirektör vid French National Research Centre CNRS tillsammans med Thierry Grange.

Geigl deltog i Human Genome Project under sitt postdoktorala arbete vid Stanford University.


Thierry Grange

Thierry Grange har en doktorsexamen i mikrobiologi vid University Paris Diderot. Som molekylärbiolog och genetiker studerade han i början av sin karriär vid French National Research Centre (CNRS) olika aspekter av mikrobiologi och virologi och senare reglering av genuttryck, vävnadsspecificitet och steroidhormonsvar, kromatin och epigenetiskt minne. hos däggdjur. Han har varit gruppledare vid Institut Jacques Monod i nästan 30 år. Han samarbetade sedan med Eva-Maria Geigl och sedan 2009 driver de forskargruppen ”Epigenomics and Paleogenomics” vid Institut Jacques Monod. Han är ansvarig för institutets genomikanläggning.

Grange har varit gruppledare vid Institut Jacques Monod i nästan 30 år.


Relevanta publikationer

Geigl, E.-M.: “Inadequate Use of Molecular Hybridization to Analyze DNA in Neanderthal Fossils”. Am. J. Hum. Genetics 68:287-290, 2001 ; S0002-9297(07)62499-9/10.1086/316948

Geigl, E.-M. : On the Circumstances Surrounding the Preservation and Analysis of Very Old DNA. Archaeometry 44 (3) :337-342, 2002

Pruvost, M., Schwarz, R., Bessa Correia, V., Champlot, S., Braguier, S., Morel, N., Fernandez-Jalvo, Y., Grange, T. and Geigl, E.-M.: Freshly excavated fossil bones are best for ancient DNA amplification. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 104 (3): 739-744, 2007 ; DOI 0610257104/ 10.1073/pnas.0610257104

Pruvost, M., Schwarz, R., Bessa Correia, V., Champlot, S., Grange, T. and Geigl, E.-M. DNA diagenesis and palaeogenetic analysis: critical assessment and methodological progress. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 266 (3-4) : 211-219, 2008. doi:10.1016/j.palaeo.2008.03.041

Geigl, E.-M. (2008) Palaeogenetics of cattle domestication : Methodological challenge for the study of fossil bones preserved in the domestication center in Southwest Asia. Comptes Rendus Palévol 7(2-3): 99-112, 2008

Fernandez-Jalvo, Y.,Andrews, P., Pesquero,D., Smith, C., Marin-Monfort, D., Sanchez, B., Geigl, E.-M., Alonso, A. (2010) Early bone diagenesis in temperate environments. Part I: Surface features and histology. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology 288:62-81, 2010

Champlot, S., Berthelot,C., Pruvost, M., Bennett, E.A., Grange, T., Geigl, E.-M. (2010) An Efficient Multistrategy DNA Decontamination Procedure of PCR reagents for Hypersensitive PCR Applications. PLoS One 5(9):e13042, 2010. DOI 10.1371/journal.pone.0013042

Bennett, E.A., Massilani, D., Lizzo, G., Daligault, J., Geigl, E.-M., Grange, T. (2014) Library construction for ancient genomics: single strand or double strand? Biotechniques 56:289-300. DOI: 10.2144/000114176

Côté, N.M.L., Daligault, J., Pruvost, M., Bennett, E.A., Gorgé, O., Guimaraes, S., Capelli, N., Le Bailly, M., Geigl*, E.-M., Grange, T.* (2016) A New High-Throughput Approach to Genotype Ancient Human Gastrointestinal Parasites.  PLoS One. 2016 11(1):e0146230. doi: 10.1371/journal.pone.0146230. eCollection 2016.

Gorgé O, Bennett EA, Massilani D, Daligault J, Pruvost M, Geigl EM, Grange T. (2016) Analysis of Ancient DNA in Microbial Ecology.Methods Mol Biol. 1399:289-315. doi: 10.1007/978-1-4939-3369-3_17.

Guimaraes S, Pruvost M, Daligault J, Stoetzel E, Bennett EA, Côté NM, Nicolas V, Lalis A, Denys C, Geigl EM*, Grange T.* (2017) A cost-effective high-throughput metabarcoding approach powerful enough to genotype ~44 000 year-old rodent remains from Northern Africa. Mol EcolResour. 17: 405-417. doi: 10.1111/1755-0998.12565

Massilani, D., Guimaraes, S., Brugal, J.-P., Bennett, E.A., Tokarska, M., Arbogast, R., Baryshnikov, G., Boeskorov, G., Castel, J.-C., Davydov, S., Madelaine, S., Putelat, O., Spasskaya, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2016) Past climate changes, population dynamics and the origin of Bison in Europe. BMC Biology 14:93-110. DOI 10.1186/s12915-016-0317-7

Bennett, E.A., Champlot, S., Peters, J., Arbuckle, B.S., Guimaraes, S., Pruvost, M., Bar-David, S., Davis, S.J.M., Gautier, M., Kaczensky, P., Kuehn, R., Mashkour, M., Morales-Muñiz, M., Pucher, E., Tournepiche, J.-F., Uerpmann, H.-P., Bălăşescu, A., Germonpré, M., Y. Günden, C., Hemami, M.-R., Moullé, P.-E., Öztan, A., Uerpmann, M., Walzer, C., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2017) Taming the Late Quaternary phylogeography of the Eurasiatic wild ass through ancient and modern DNA. PLoS One 12(4): e0174216. /doi.org/10.1371/journal.pone.0174216

Ottoni, C., Van Neer, W., De Cupere, B., Daligault, J., Guimaraes, S., Peters, J., Spassov, N., Prendergast, M.E., Boivin, N., Morales-Muniz, A., Bălăşescu, A., Becker, C., Benecke, N., Boronenanț, A., Buitenhuis, H., Chahoud, J., Crowther, A., Llorente, L., Manaseryan, N., Monchot, H., Onar, V., Osypińska, M., Putelat, O., Studer, J., Wierer, U., Decorte, R., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2017) The paleogenetics of cat dispersal in the ancient world. Nature Ecology & Evolution 1, 0139. 10.1038/s41559-017-0139

Grange, T., Brugal, J.-P., Flori, L., Gautier, M., Uzunidis, A., and Geigl, E.-M. (2018) The Evolution and Population Diversity of Bison in Pleistocene and Holocene Eurasia: Sex Matters. Diversity 10, 65; doi:10.3390/d10030065

Geigl, E.-M., Grange, T. (2018) Ancient DNA: The quest for the best. Mol EcolResour. 18:1185–1187. DOI: 10.1111/1755-0998.12931

Geigl, E.-M. & Grange, T. (2019) Using paleogenetics to unravel the impact of humans on animal populations in the past. In Animals: Cultural Identifiers in Ancient Societies? J. Peters, G. McGlynn & V. Goebel (eds)., Verlag Marie Leidorf (VML) GmbH, Rahden/Westf.  p.131-137

E. Andrew Bennett, Isabelle Crevecoeur, Bence Viola, Anatoly P. Derevianko, Michael V. Shunkov, Thierry Grange, Bruno Maureille, and Eva-Maria Geigl (2019) Morphology of the Denisovan phalanx closer to modern humans than to Neandertals. Science Advances, 5:eaaw3950, DOI 10.1126/sciadv.aaw3950, DOI: 10.1126/sciadv.aaw3950

Brunel, S., Bennett, E.A., Cardin, L., Garraud, D., BarrandEmam, H., Beylier, A., Boulestin, B., Chenal, F., Cieselski, E., Convertini, F., Dedet, B., Desenne, S., Dubouloz, J., Duday, H., Fabre, V., Gailledrat, E., Gandelin, M., Gleize, Y., Goepfert, S., Guilaine, J., Hachem, L., Ilett, M., Lambach, F., Mazière, F., Perrin, B., Plouin, S., Pinard, E., Praud, I., Richard, I., Riquier, V., Roure, R., Sendra, B., Thevenet, C., Thiol, S., Vauquelin, E., Vergnaud, L., Grange, T.*, Geigl, E.-M.*, Pruvost, M.* (2020) Ancient genomes from present-day France unveil 7,000 years of its demographic history. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 117(23):12791-12798, DOI:10.1073/pnas.1918034117.

Guimaraes, S., Arbuckle, B., Peters, J., Adcock, S., Buitenhuis, H., Chavin, H., Manaseryan, N., Uerpmann, H.-P., Grange, T.*, Geigl, E.-M.* (2020) Ancient DNA shows domestic horses were introduced in the southern Caucasus and Anatolia during the Bronze Age. Science Advances, 6: eabb0030, DOI: 10.1126/sciadv.abb0030

*co-senior authors