METU/Hacettepe aDNA Lab (Turkiet)

Turkiets första laboratorium för aDNA forskning grundades 2012 vid Middle East Technical University (METU) Department of Biology av İnci Togan, med stöd av Turkiets vetenskapliga och tekniska forskningsråd (TÜBITAK). Teamet publicerade den första DNA-analysen av forntida får från Anatolia samma år. Fascinerad av debatter kring släktskap vid Çatalhöyük, anslöt populationsgenetiker Mehmet Somel till teamet 2013. Antropologer som hade studerat drag i tänderna för gravlagda från Çatalhöyük hade kommit till slutsatsen att individer begravda bredvid varandra under samma hus kanske inte var biologiska släktingar. Nu ville de bekräfta detta med en aDNA-analys. Således började aDNA labbetvid METU att analysera mänskliga lämningar från Neolitikum i Anatolien. Arbetet banade väg för laboratoriets första internationella samarbete med Stockholms universitets erfarna aDNA-forskarteam under ledning av Anders Götherström. Det relativt heta anatoliska klimatet gjorde det svårt att hitta välbevarat genetiskt material i de mänskliga lämningarna men ändå lyckades ett team under ledning av molekylärbiologen Füsun Özerutvinna tillräckligt med DNA-data från Boncuklu Höyük i Konya och senare även från Tepecik-Çiftlik Höyük i Niğde. De populationsgenetiska analysernaleddes av Gülşah M. Kılınç visade att den neolitiska kulturen fördes till Europa av mobila grupper och att de hade sina rötter i de anatoliska grupperna på den tiden. Således bekräftades många arkeologiska slutsatser genom forskningen.

Prof. Togan grundade Turkiets första aDNA laboratorium vid Middle East Technical University 2012, med stöd av Turkiets vetenskapliga och tekniska forskningsråd (TÜBİTAK).

De aktuella vetenskapliga frågorna krävde intensivt tvärvetenskapligt samarbete, så Çiğdem Atakuman från Settlement Archaeology Program vid METU och Yılmaz S. Erdal från Department of Anthropology vid Hacettepe University (HU) gick med i teamet 2017. Under ledning av Mehmet Somelerhöll teamet betydande ERC-finansiering för deras ambitiösa NEOGENE-projekt, som syftar till att screena cirka 1500 prover från 20 neolitiska anatoliska bosättningar och att bland dem finna de 350 mest lovande individerna som ska djupanalyseras. Elif Sürer från METU Informatics Institute anslöt för att genomföra simuleringar av kulturhistoriska processer genom att kvantifiera arkeologiska data och utvärdera dem tillsammans med genetiska resultat. År 2018 samarbetade METU-teamet med Yılmaz S. Erdal, Füsun Özer och N. Ezgi Altınışık för att inrätta ett modernt aDNA-laboratorium vid HU-avdelningen för antropologi, som också är värd för några av Turkiets rikaste samlingar av forntida mänskliga lämningar..

Från 2021 har aDNA laboratorierna vid METU/HU, fungerat som en enda forskargrupp, inklusive ett stort och aktivt samhälle av unga forskare som Ali Akbaba, Arda Sevkar, Ayça Aydoğan, Ayça Küçükakdağ Doğu, Damla Kaptan, D. Deniz Kazancı, Dilek Koptekin, Hasan Can Gemici, Cansu Karamurat, Ekin Sağlıcan, Fatma Küçük Baloğlu, Gözde Atağ, Kanat Gürün, Kıvılcım B. Vural, Merve N. Güler, Mustafa Özkan, F. Rabia Fidan, Sevgi Yorulmaz och Şevval Aktürk. Doktoranderna och post-doktorernakommer nästan alla från icke-arkeogenomiska bakgrunder, och de flesta är i tidiga skeden av sina akademiska karriärerinom populationsgenetik. NEOMATRIX-projektet syftar till att bidra till deras specialisering inom området och samtidigt erbjuda möjligheter till samarbete och nätverkande. Förutom studiet av människornas demografiska historia och sociala relationer under Holocene-perioden, arbetar Ankara-teamet också med får och hästar. Teamet är angeläget om att samarbeta med forskargrupper inom hela regionen för att främja aDNA forskningen och populationsgenetiska analyser.


Mehmet Somel

Mehmet Somel studerade biologi respektive bioteknik för sin BSc och MSc vid METUi  Ankara (1996-2004). Han analyserade transkriptdatafrån primater för sin doktorsexamen vid Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology i Leipzig, Tyskland (2004-2008). Somel arbetade som post-doktor på ämnen som mänsklig utveckling och hjärnans åldrande i Partner Institute for Computational Biology i Shanghai, Kina (2008-2011) och vid UC Berkeley, USA (2011-2013). Sedan 2013 har han arbetat som fakultetsmedlem vid Institutionen för biologiska vetenskaper, META som en del av forskargrupperna Comparative and Evolutionary Biology och METU Ancient DNA and Population Genetics Laboratory. Han är en aktiv medlem av Ecology and Evolutionary Biology Society of Turkey.

Somel arbetade som post-doktor på ämnen som mänsklig utveckling och hjärnans åldrande i Kina och USA.


Çiğdem Atakuman

Çiğdem Atakuman fick sin BSc-examen i kemiteknik från METU, Ankara 1991 och doktorsexamen i arkeologi från UCLA, USA 2004. Förutom hennes pågående utgrävningsarbete på Uğurlu-Imbros Island och undersökningen på Bozburun-halvön arbetade hon även vid en Neolitisk plats i Domuztepe, Kahramanmaraş. Atakuman och hennes elever arbetade också med arkeologiskt material från Göbekli Tepe och från platsen Koçumbeli från tidig bronsålder som ingår i METU-Archaeology Museum-samlingen. Hon är tidigare chef för METU Museum of Archaeology och chefredaktör för tidskriften “Science and Technology” vid Turkiets vetenskapliga och teknologiska forskningsråd (TÜBİTAK) undervisar hon för närvarande på METU-Settlement Archaeology Graduate Program.

Atakuman undervisar hon för närvarande på METU-Settlement Archaeology Graduate Program.


Elif Sürer

Elif Sürer tog sin BSc- och MSc-examen i datateknik från Boğaziçi University 2005 och 2007 och sin doktorsexamen i bioteknik 2011 från University of Bologna, Italien. Från 2013 till 2015 arbetade hon som post-doktor vid universitetet i Milano, Italien som en del av EU-projektet REWIRE, där hon utvecklade videospel för rehabilitering av patienter med stroke och funktionshinder. Hon gick med på METU Graduate School of Informatics’s Modelling and Simulation Department 2015 och arbetade med utbildning av barn med Downs syndrom med hjälp av videospel, som fick fullt stöd av TÜBİTAK. Hon undervisar för närvarande vid METU Graduate School of Informatics ‘Multimedia Informatics-program.

Sürer arbetade med rehabilitering av olika tillstånd och syndrom med hjälp av videospel.


Füsun Özer

Füsun Özer tog sin MSc och doktorsexamen i biologi från METU respektive University of Illinois, USA. 2011 anslöt hon till Institutionen för biologi vid METU. Hon bidrog till upprättandet av det första dedikerade aDNA-laboratoriet vid METU. I maj 2019 gick Özer över till institutionen för antropologi vid Hacettepe University som biträdande professor där hon också bidrog till inrättandet av Hacettepe University Molecular Anthropology and Genomics Laboratory (Human_G) for ancient DNA studies. Özer har deltagit i flera nationella och EU-finansierade projekt som forskare och PI, Principal Investigator. Bland hennes forskningsintressen är arkeogenomik för mänskliga populationer, aDNA-analyser av djur, domesticering och bevarandegenetik hos minskande djurpopulationer.

Özer bidrog till inrättandet av aDNA laboratorier vid METU och HU.


Yılmaz S. Erdal

Yılmaz Selim Erdal tog examen från Department of Anthropology at Hacettepe University, Ankara. Han studerade osteobiologi, paleopatologi och rättsmedicinsk antropologi. Han gick med i fältstudier vid arkeologiska utgrävningar i Anatolien och Azerbajdzjan. Han har samlat in sammanlagt 12 000 mänskliga skelettrester från den Akeramiska stenåldern till de senaste tidsperioderna. Han är medlem i European Anthropological Association, International Association for Paleodontology, European Association of Archaeologists, Paleopathology Association och Société d’Anthropologie de Paris. Tillsammans med forskare från METU deltog han i inrättandet av Hacettepe University Molecular Anthropology and Genomics Laboratory (Human_G) som en del av NEOGENE-projektet.

Erdal har samlat 12 000 mänskliga skelettrester från den Akeramiska stenåldern till de senaste tidsperioderna.


N. Ezgi Altınışık

N. Ezgi Altınışık studerade molekylärbiologi och genetik för sin BSc och MSc i Istanbul University, Turkiet. Mellan 2015 och 2019 under sin doktorandtid arbetade hon med befolkningshistorien i den Bering regionen och den nordamerikanska arktiska regionen vid University of Ostrava, Tjeckien. Hon arbetade även vid MPI-SHH, Jena, Tyskland som gästforskare under sina doktorandstudier. Strax därefter gick hon till Department of Anthropology,  Hacettepe University, som en del av Human-G Lab. Hon är också medlem i Ecology and Evolutionary Biology Society of Turkey.

Altınışık under sin doktorandtid arbetade hon med befolkningshistorien i den Bering regionen.


Relevanta publikationer

Atakuman, Ç., Erdoğu, B., Gemici, H. C., Baykara, İ., Karakoç, M., Biagi, P., Starnini, E., Guilbeau, D., Yücel, N., Turan, D., &Dirican, M. (2020). Before the Neolithic in the Aegean: The Pleistocene and the Early Holocene record of Bozburun – Southwest Turkey. The Journal of Island and Coastal Archaeology, 1–33.

Chyleński, M., Ehler, E., Somel, M., Yaka, R., Krzewińska, M., Dabert, M., Juras, A., & Marciniak, A. (2019). Ancient mitochondrial genomes reveal the absence of maternal kinship in the burials of Çatalhöyük people and their genetic affinities. Genes, 10(3), 207.

Kılınç, G. M., Omrak, A., Özer, F., Günther, T., Büyükkarakaya, A. M., Bıçakçı, E., Baird, D., Dönertaş, H. M., Ghalichi, A., Yaka, R., Koptekin, D., Açan, S. C., Parvizi, P., Krzewińska, M., Daskalaki, E. A., Yüncü, E., Dağtaş, N. D., Fairbairn, A., Pearson, J., … Götherström, A. (2016). The demographic development of the first farmers in Anatolia. Current Biology, 26(19), 2659–2666.

Kılınç, G. M., Koptekin, D., Atakuman, Ç., Sümer, A. P., Dönertaş, H. M., Yaka, R., Bilgin, C. C., Büyükkarakaya, A. M., Baird, D., Altınışık, E., Flegontov, P., Götherström, A., Togan, İ., & Somel, M. (2017). Archaeogenomic analysis of the first steps of Neolithization in Anatolia and the Aegean. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 284(1867), 20172064.

Kılınç, G. M., Kashuba, N., Yaka, R., Sümer, A. P., Yüncü, E., Shergin, D., Ivanov, G. L., Kichigin, D., Pestereva, K., Volkov, D., Mandryka, P., Kharinskii, A., Tishkin, A., Ineshin, E., Kovychev, E., Stepanov, A., Alekseev, A., Fedoseeva, S. A., Somel, M., … Götherström, A. (2018). Investigating Holocene human population history in North Asia using ancient mitogenomes. Scientific Reports, 8(1), 8969.

Krzewińska, M., Kılınç, G. M., Juras, A., Koptekin, D., Chyleński, M., Nikitin, A. G., Shcherbakov, N., Shuteleva, I., Leonova, T., Kraeva, L., Sungatov, F. A., Sultanova, A. N., Potekhina, I., Łukasik, S., Krenz-Niedbała, M., Dalén, L., Sinika, V., Jakobsson, M., Storå, J., & Götherström, A. (2018). Ancient genomes suggest the eastern Pontic-Caspian steppe as the source of western Iron Age nomads. Science Advances, 4(10), eaat4457.

Krzewińska, M., Kjellström, A., Günther, T., Hedenstierna-Jonson, C., Zachrisson, T., Omrak, A., Yaka, R., Kılınç, G. M., Somel, M., Sobrado, V., Evans, J., Knipper, C., Jakobsson, M., Storå, J., & Götherström, A. (2018). Genomic and strontium isotope variation reveal immigration patterns in a Viking Age town. Current Biology, 28(17), 2730-2738.e10.

Taşkent, R. Ö., Duha Alioğlu, N., Fer, E., Dönertaş, H. M., Somel, M., & Gökçümen, Ö. (2017). Variation and functional impact of Neanderthal ancestry in Western Asia. Genome Biology and Evolution, 9(12), 3516–3524.

Yaka, R., Birand, A., Yılmaz, Y., Caner, C., Açan, S. C., Gündüzalp, S., Parvizi, P., Erim Özdoğan, A., Togan, İ., &Somel, M. (2018). Archaeogenetics of Late Iron Age Çemialo Sırtı, Batman: Investigating maternal genetic continuity in north Mesopotamia since the Neolithic. American Journal of Physical Anthropology, 166(1), 196–207.